该方法是利用微生物处理使有机物转变为无机物、水和菌体，形成絮状物。有生物曝气法和生物膜法两种。生物曝气法，该方法分为吸附、分解、沉降三步。目前常用的好氧处理法有 SBR 法、A/O 法、A-B 法等。

     厌氧消化方法包括微生物在厌氧条件下将有机物降解为有机酸、醛、醇的产酸阶段有机酸降解为甲烷的产气阶段。厌氧发酵不但能量需求大大降低，而且还可产生作为能源使用的沼气，污泥产量极低，可对好氧性微生物不能降解的物进行降解或部分降解，但经厌氧发酵处理后的污水中有机物浓度要高于好氧处理，一般难以去除氮、磷，不能达到污水排放标准，还需要进行进一步的好氧性处理。目前我国开发的工艺较多，主要有上流式厌氧污泥床(UASB)、完全混合式厌氧消化器(CSTR)、厌氧接触反应器(ACP)、厌氧滤池(AF)、厌氧流化床(AFB)、内循环厌氧反应器(IC)等。

     利用稳定塘内的细菌和藻类共生作用处理废水，或者利用土壤-微生物-植物组成的生态系统进行净化。该方法具有投资运行成本低的优点，缺点是占用土地面积大，受季节影响大，污水停留的时间长。目前处理方法有人工湿地处理、土地处理和稳定塘处理等。人工湿地处理主要采用优化湿地结构，一般对 COD 处理率在 35~50%之间。土地处理是借助土地渗透、地面漫流的方式进行污水的处理，在处理时要防止地下水源的污染。稳定塘是利用天然或人工设计的池塘对污水自净。

     综上所述，养殖场污水处理的设计工艺多种多样，但处理的目的大致可以分为两类，一类是达标排放，这类污水处理工艺接近于城市生活污水处理厂，这种工艺，设备投资较高，维护人员技术要求高，水处理的成本也高，但是能够达标排放符合环保要求;另一类是无害化还田，这类污水处理工艺基建设备投入较小，维护简单，但是污水处理周期长，需要有较大规模的农田进行配套。